Ursprünglich waren im Altarraum der Kirche drei Fenster mit Darstellungen zur Passion, Auferstehung und Himmelfahrt Christi zu sehen. Sie wurden wie Teile des Daches und des Turmes 1943 bei einem Luftangriff zerstört. Das heutige "Himmelfahrtsfenster" wurde 1946 vom Glasmaler Brenneisen hergestellt, der auch die beiden großen Fenster auf der Südseite der Kirche, die stark beschädigt waren, wiederherstellte.
Auf dem rechten der beiden Fenster sind Geschichten aus dem Alten Testament dargestellt: unten die Vertreibung aus dem Paradies (1. Mose 3), darüber Mose mit den Gesetzes-Tafeln (2. Mose 30),ganz oben der Prophet Elia (1. Könige 17) und Johannes der Täufer (Matthäus 3), der die Brücke vom Alten zum Neuen Testament ist. Auf dem linken neutestamentlichen Fenster sind zu sehen: Unten die Anbetung der Hirten (Lukas 2) , in der Mitte das Pfingstfest (Apostelgeschichte 2) und oben die Apostel Petrus und Paulus, die "Säulen der Kirche".
Das Bildnis des Heiligen Nikolaus über der Südtür aus dem Jahr 1949 ist nur von der Empore aus gut zu sehen. Es zeigt den Schutzpatron unserer Kirche in seinem Bischofsornat und mit den zu ihm gehörenden Zeichen: Anker (als Patron der Seefahrenden u. Fischer) und drei goldenen Kugeln bzw. kugelförmigen Geldbörsen (als Wohltäter der Armen). Sicherlich ist Limmers Lage am Leinefluß und die damit gegebene Fischerei Hintergrund für die Wahl des Nikolaus als Schutzpatron.
